После того как Джейсон Борн бежит из Москвы и раскрывает детали проекта «Блэкбрайар», ЦРУ решает закрыть все остальные засекреченные проекты и замести следы. Секретный оперативник Аарон Кросс, проходящий обучение на Аляске и вынужденный принимать специальные таблетки для улучшения мозговой и мышечной активностей, подвергается ракетному удару с беспилотника, но чудом остается в живых. Оказавшись в бегах, главный герой противостоит своим бывшим кураторам, объединившись с доктором Мартой Шеринг, которая помогает ему побороть зависимость от препаратов.