Прошло несколько лет после того, как Джейсон Борн узнал о своем прошлом. Теперь он вместе со своей девушкой живет в Индии, пытаясь начать новую жизнь и забыть о прошлом. Однако это не так просто сделать, ведь его постоянно преследует одно и то же воспоминание об убийстве в отеле. Тем временем, одна из шишек ЦРУ Памела Лэнди проводит операцию, в ходе которой она хочет заполучить документы, разоблачающие людей, укравших 20 миллионов долларов из ЦРУ. Однако операция проваливается из-за вмешательства киллера Кирилла, который, завладев нужными бумагами, скрывается. Также он подставляет Борна, оставив на взрывном устройстве, повредившем силовой кабель, его отпечатки пальцев.Затем Кирилл отправляется на Гоа, чтобы убить Борна, тем самым поставив ЦРУ в тупик. Теперь Борну ничего не остается, как начать собственное расследование, чтобы очистить свое имя.