Фильм «Сокровища нации: книга тайн» продолжает рассказывать об увлекательных приключениях охотника за сокровищами Бенжамина Гейтса.На конференции Бнежамин Гейтс вместе со своим отцом рассказывает героическую историю смерти своего прадеда во время гражданской войны. Но неожиданно, присутствующий в зале торговец антиквариатом Митч Уилкинсон предоставляет на всеобщее обозрение часть обгоревшей страницы из дневника его прадеда – Джона Умлкинса, которая якобы доказывает, что Томас Гейтс никакой не герой, и был причастен к убийству Линкольна. Этот факт очень сильно возмущает Гейтсов, и они категорически отказываются верить в это. Теперь Бенжамину вместе с отцом предстоит найти доказательства невиновности Томаса Гейтса...