Живущий на Земле инопланетянин Стич, замаскированный под собаку, сталкивается с очередными приключениями, когда он обнаруживает, что его биологическая семья, о которой Стич ничего не знал, внезапно оказывается на Гавайях, а ее членов преследуют галактические силы. По мере того как бывший капитан Ганту захватил в плен доктора Джумбу для проведения допроса с пристрастием о его экспериментах, Лило и Стич предстоит отправиться в опасную миссию, чтобы не только спасти доктора из плена, но и навсегда отвести угрозу от счастливого будущего Стича…