В основу сюжета легла одноименная повесть Ричарда Баха. Молодая чайка совсем непохожа на членов своего клана, он только начинает познавать с высоты птичьего полета удивительный мир. Ему не хочется просто летать, он мечтает летать лучше всех. Погруженный в эксперименты с техникой полетов, не замечает ничего вокруг себя. Сородичи не понимают его и совсем не новость, что общество с давних времён старается избавляться от особенных. Так и произошло в истории о Джонатане, старейшины выгоняют его из клана. Наш герой обретает свободу, оставшись совершенно один, отправляется на поиски себя в загадочные и опасные дальние страны.