События разворачиваются в недалеком постапокалиптическом будущем, где большая часть человечества была уничтожена смертельным вирусом, а немногочисленным выжившим пришлось покинуть поверхность планеты и спрятаться под землей. Осужденный преступник Джеймс Коул, живущий в подземном поселении, получает уникальную возможность сократить свой срок, но для этого ему необходимо отправиться назад во времени и разузнать информацию о происхождении этого вируса, а также разгадать тайну загадочной организации под названием «Армия двенадцати обезьян».