В основе сюжета мультфильма лежит реальная история, произошедшая в 1925 году. В небольшом городке Ном, находящемся на полуострове Сьюард, что в штате Аляска, среди детей начинается эпидемия дифтерии. Сложившаяся ситуация осложнятся тем, что начавшаяся сильная буря полностью отрезает город от внешнего мира, лишая всякой возможности доставить туда нужные медикаменты. Единственной надеждой оставалась собачья упряжка, которой нужно было преодолеть почти тысячу километров по суровым и заснеженным просторам. Балто был наполовину волк, он всегда очень хотел быть вожаком собачьей упряжки. Однако люди опасались его волчьей натуры, и поэтому старались к себе не подпускать. Но когда упряжка с лекарствами заблудилась в снежном буране, именно волчье чутье Балто помогло спасти ситуацию.