Действия мультфильма разворачиваются спустя некоторое время, после событий описанных во второй части. Время идет, технологический прогресс не стоит на месте, и поэтому на Аляске становится все больше и больше самолетов. Само собой, это приводит к тому, что собачьи упряжки теряют актуальность, и в скором времени могут и вовсе стать не нужны. Понимая всю важность этой проблемы, Балто вместе со своим сыном Коди решают попытаться вернуть интерес людей к езде на упряжке, устроив гонку между собаками и последним словом техники. Никто даже подумать не мог, что упряжка придет к финишу первой. Собаки очень обрадовались победе, но вскоре Балто понял, что с самолетом что-то произошло, и его капитану Дюку нужна помощь. Заручившись поддержкой верных друзей, храбрый пес отправляется на поиски.