В центре сюжета аниме мультфильма «Могила светлячков» драматическая судьба двух детей сирот – мальчика Сэйтой и его младшей сестренки Сэцуко. На дворе конец Второй мировой войны, во время которой оба родителя детишек погибли: мать во время бомбардировки американскими войсками города Коба, а отец на фронте. В это жестокое время они вынуждены принимать все решения самостоятельно. Некоторое время Сэйтой и Сэцуко живут у своей тетки, однако, она далеко не самым лучшим образом относиться к детям, и они решают покинуть ее дом. После дети находят себе дом среди руин заброшенных убежищ, расположенных на берегу реки. В скором времени, и так далеко не лёгкое положение сирот усугубляется тем, что Сэцуко очень сильно заболевает. Сэйтой впадает в отчаяние, ведь вся ответственность за сестру лежит на нем, да и помощи ждать неоткуда.