Однажды бесстрашные черепашки-ниндзя Микеланджело, Донателло, Леонардо и Рафаэль внезапно встречаются со своими двойниками, когда происходит сбой в портале телепортации. Тем временем Хан полон решимости уничтожить братьев, однако восьмерке черепашек-ниндзя удается сбежать в параллельную вселенную. Довольно скоро Шреддер узнает о существовании других миров, а затем решает провернуть коварный план, чтобы раз и навсегда избавиться от заклятых врагов и сэнсэя Сплинтера. И теперь черепашкам предстоит сразиться с двумя Шреддерами, чтобы разрушить их зловещие планы.