Золотая рыбка, дочь морской богини и волшебника, уплывает из родных краёв, чтобы изучить окружающий мир и посмотреть на жизнь людей. Вскоре героиню выбрасывает на берег возле небольшой деревни, где её спасает пятилетний Сосукэ, дает имя Поньо и обещает заботиться о ней. Теперь рыбка мечтает стать человеком и у неё даже есть возможность это сделать. Поньо намерена отправиться к отцу, с помощью его магии превратиться в девочку и вернуться к Сосукэ. Однако она не догадывается, что это её решение может изменить целый мир...