После того, как главный герой Питер Паркер осознал, что на его плечах лежит большая ответственность за данный ему дар, его жизнь постепенно начала налаживаться. Он перестал опаздывать на учебу, весь город признал его как истинного героя, и самое главное Питер, наконец, смог наладить отношения с любимой Мэри Джейн, и даже подумывает сделать ей предложение. И только тот факт, что Гарри Озборн продолжает винить Человека-паука в смерти своего отца не дает покоя Питеру. Чтобы отомстить Человеку-пауку Гарри перевоплощается в Зеленого Гоблина. В это самое время в Нью-Йорке появляется еще один злодей – Песочный Человек. Но как в скором времени выяснилось главный враг Человека-паука это он сам, и чтобы спасти город от надвигающейся беды, ему нужно для начала выиграть борьбу внутри себя.