В центре сюжета окажется зебра по имени Марти, который мечтает жить вместе со стадом других зебр, но его друзья — лев Алекс, гиппопотам Глория и жираф Мелман — не очень хотят покидать зоопарк, ведь здесь они окружены вниманием и заботой. Но когда однажды ночью Марти всё-таки сбегает, все остальные решают последовать за ним. Вскоре герои оказываются в руках властей, которые решают отправить их на корабле в другую страну. Неожиданно корабль терпит крушение, а животные оказываются на острове Мадагаскар и ввязываются в войну между лемурами и дикими кошками...