В центре сюжета находятся двое правительственных агентов – Мики Беринг и Пит Латтимер, служащие на благо Соединённых Штатов Америки. Однажды, после того, как им удается спасти самого президента, агентов переводят работать на некий секретный объект, расположенный где-то на пустынных просторах Южной Дакоты. Сначала герои оказываются не очень сильно рады такому подарку судьбы, но в скором времени их мнение меняется кардинальным образом. Оказывается, что «Хранилище 13» - это сверхсекретный правительственный объект, о существовании которого известно лишь только избранным. Здесь хранятся самые разные вещи и древние реликвии, которые обладают разного рода сверхъестественными силами. Главная задача Мики и Пита находить такие вещи и помещать по возможности в хранилище, а если такой возможности нет, то уничтожать, лишь бы предмет не попал в плохие руки.