Действие драматического аниме-сериала «Эхо террора» разворачивается в наши дни. Однажды в один из самых обычных дней в социальных сетях появляется видеообращение двух парней в масках, называющих себя террористической группой «Сфинкс». Они предупреждают жителей Токио, что в три часа дня столица погрузится во тьму, и в назначенное время город содрогается от ряда террористических актов. Преступники выдают себя за самых обычных школьников, и вне экрана называют друг друга прозвищами Найн и Твелв. Они легко взламывают любые системы безопасности, а их дерзость не знает границ, и поэтому проделки наглой парочки очень быстро поднимают на уши всю полицию города. Однако местные блюстители правопорядка оказываются бессильны перед нависшей угрозой, и тогда им на помощь приходят американские коллеги из ФБР во главе с гениальной девушкой-хакером Файв...