Пока контроль над улицами Нью-Йорка захватывают подростковые преступные банды, журналист Эйприл О’Нил едва не становится жертвой криминальной группировки, но в решающий момент она оказывается в городской канализации, где ее спасают четверо черепашек. Так Эйприл узнает о существовании отважных черепашек-мутантов, известных как Донателло, Леонардо, Микеланджело и Рафаэль, которые были обучены их наставником, крысой Сплинтером, боевому искусству ниндзюцу. Эйприл О’Нил становится верным другом и помощником отважных ниндзя-черепашек, сражающихся со злодеем Шреддером и его союзниками, а также преступниками на улицах мегаполиса.