Действие фильма «За облаками» происходит в Японии в конце 90-х годов XX века. Сюжет рассказывает об одном из возможных путей развития страны в том случае, если бы Советский Союз не прекратил свое существование. Послевоенная Япония разделена между победителями: остров Хоккайдо теперь принадлежит СССР, а южная часть страны оккупирована американцами. Двое школьных друзей Хироку и Такуя находят на границе двух зон оккупаций потерпевший крушение самолет. Они решают починить его и отправиться к загадочной башне Союза, которая расположена на другом конце пролива Цугару. Мальчишки настолько поверили в мечту, что даже рассказали о ней своей однокласснице Саюри, пообещав взять ее с собой. Но школьные годы подходили к концу, а самолет так и не был достроен. Окончив школу, Хироку и Такуя разъезжаются в разные колледжи, а Саюри куда-то бесследно пропадает. Прошло три года и, казалось бы, друзья уже никогда не встретятся и не осуществят свою детскую мечту. Но вдруг Хироки приходит письмо, в котором говорится, что Саюри находится в состоянии летаргического сна и он решает, во что бы то ни стало, выполнить свое обещание…