В альтернативной реальности мутанты, обладающие удивительными способностями люди, преследуются населением. В Академии одаренных детей профессора Ксавьера есть секретный тренировочный центр для мутантов, которых обучают контролировать свои способности, чтобы они могли жить в обществе. Здесь же расположена штаб-квартира команды супергероев «Люди Икс» — тренированных мутантов, которые противостоят генетически модифицированным людям, стремящимся захватить мир, используя свои навыки. Желая изменить мнение обычных людей о мутантах, «Люди Икс» ведут отчаянную борьбу с могущественными злодеями, включая Магнето, Апокалипсиса и роботами, известными как Стражи.