Действие аниме «Призрак в доспехах 2: Невинность» происходит в недалеком будущем. Современные технологии привели к тому, что людям теперь приходится жить по соседству с разумными роботами и киборгами. Детектив Бато, начальник отдела полиции по борьбе с терроризмом – киборг с искусственным телом и человеческим мозгом, в котором сохранились воспоминания о любимой девушке Мотоко. Детектив вместе со своим другом и напарником Тогусой занимаются расследованием ряда убийств. Все эти преступления довольно схожи: роботы, относящиеся к экспериментальной серии секс-андроидов корпорации «Locus Solus», убивают своих владельцев. Представители фирмы готовы пойти буквально на все, чтобы не допустить огласки и поскорее замять это дело. Они отзывают своих роботов с рынка и приходят к договоренности с родственниками убитых. Однако с полицией договориться им так и не удалось, ведь детективы Бато и Тогуса не относятся к числу продажных копов…