Когда последний Ангел был побежден, штаб-квартира NERV и пилоты Евы полагают, что их задача выполнена. Однако вскоре становится очевидным, что все, за что они боролись, — это ложь. На самом деле SEELE, секретное подразделение NERV, хотело уничтожить Ангелов, чтобы реализовать проект совершенствования человека и вывести человеческое существование на новый уровень. Когда сотрудники SEELE обнаруживают, что директор NERV Гендо Икари предал их, чтобы использовать проект для достижения собственных целей, начинается массовый штурм Токио-3, а будущее человечества оказывается в руках 14-летнего Синдзи…