Два с половиной года спустя после событий оригинального сериала повзрослевший и более зрелый Наруто Узумаки возвращается в родную деревню Коноху и воссоединяется с любимой Сакурой, ставшей за время отсутствия главного героя первоклассным ниндзя-медиком. Вот только у парня нет времени на наслаждение семейной жизнью, поскольку ему надо возвращаться к усердным тренировкам, ведь, во-первых, молодой человек все еще хочет стать самым сильным ниндзя, а во-вторых, ему угрожает таинственная организация опасных шиноби под названием Акацуки.