Главная героиня мультфильма «В лесу мерцания светлячков» - шестилетняя Хотару. Девочка приехала на летние каникулы из большого города в горную деревушку к своему дяде. Однажды, прогуливаясь по незнакомому лесу, малышка зашла слишком далеко и заблудилась. Хотару очень сильно испугалась, но внезапно перед ней появляется юный незнакомец в маске лисы по имени Гин. Светловолосый мальчик назвал себя лесным духом и рассказал девочке, что на него наложено страшное заклятье: он исчезнет, если дотронется до человека. Гин помог Хотару найти дорогу к деревне, но их знакомство на этом не закончилось. Но вскоре после возвращения домой, девочка понимает, что ей не хватает общения с этим добрым юношей, и изо дня в день она снова возвращается в волшебный лес. Новый друг показал Хотару божественные места с нетронутой природой, где обитают духи-йокай и где девочка могла забыть обо всем. Но каникулы заканчивались, и малышке пора было возвращаться в город к родителям. Перед отъездом она дала обещание каждый год возвращаться к Гину. Однако, чем старше становилась Хитару, тем более крепкие чувства просыпались у нее к другу.