Мультфильм «Корабль-призрак» был снят на основе популярной японской манги Сетаро Исиномори. На протяжении многих лет в океане без следа исчезают корабли. Все чудом выжившие в катастрофах люди утверждают, что перед трагедией видели неподалеку загадочный Корабль-призрак. Огромный робот Голем, называющий себя посланником призрачного корабля, нападает на Токио и превращает в руины все вокруг. Под обломками погибают родители главного героя, храброго мальчика Хаято, который вместе со своим преданным псом отправляется на поиски владельца зловещего судна, чтобы отомстить ему. Парнишка обращается за помощью к господину Куросио, уже давно ведущему охоту за таинственным капитаном. Однако, попав в дом Куросио, Хаято обнаруживает засекреченную фабрику по производству довольно популярного напитка «Боа Джуса». Мальчик к своему удивлению узнает удивительную тайну, которая в корне меняет его отношение ко всему происходящему.