Действие аниме «Индекс волшебства» происходит в параллельной реальности, где многие жители обладают сверхъестественными способностями. Сверхлюди делятся на два лагеря: эсперов – мутантов, получивших какой-либо один сильный дар, и магов, наделенных большим количеством возможностей, но более слабых. Магические способности официально не признавались, в отличие от экстрасенсорных, которые считались научно доказанными и были довольно обычным явлением. Для обучения эсперов была создана специальная Академия – городок, в котором жили и развивались юные экстрасенсы со всей страны. Там проходит обучение Тома Камидзэ – мальчик, обладающий уникальным даром: он правой рукой может нейтрализовать любое магическое воздействие. Однажды утром он обнаруживает на перилах своего балкона девочку в одеянии монашки. Индекс, а именно так зовут незнакомку, рассказала, что в ее голове хранится больше ста тысяч магических писаний, запрещенных церковью. За ней ведут охоту маги и, похоже, что только Тома может ей помочь.