Действие мультфильма «Небесный замок Лапута» разворачивается в начале ХХ века в альтернативной реальности. Юная Сита обладает Летающим Камнем – кристаллом, с помощью которого можно найти легендарный остров Лапута, летающий где-то в облаках. Этим камнем хотят завладеть многие, поскольку считается, что на острове находятся несметные сокровища. Сама же Сита даже не подозревает о назначении кристалла и носит его как защитный талисман. Однажды во время путешествия на дирижабле на девочку нападают воздушные пираты. Она случайно срывается с корабля вниз, но сила камня спасает ее. Едва живую Ситу находит молодой паренек Пазу, работающий неподалеку в шахтерском городке. Вместе они находят разгадку тайны Летающего Камня и изо всех сил стараются не допустить того, чтобы талисман попал не в те руки. А тем временем охоту за кристаллом ведут еще и группа правительственных агентов во главе с коварным Муской, который с помощью камня хочет захватить власть над всей Землей.