В XXVI веке затяжная война Космического Командования Объединенных Наций против Ковенанта, союза инопланетных цивилизаций, заканчивается шатким миром, однако отдаленные человеческие колонии по-прежнему находятся под угрозой диверсий со стороны врага. Сюжет следит за группой космических десантников, возглавляемой Джеймсоном Локком, которая оказывается с миссией на планете Седра. Здесь они становятся свидетелями чудовищной биологической атаки пришельцев и должны найти способ остановить распространение убийственного вируса, который может погубить все население планеты.