Через два года после того, как Клауд Страйф победил Сефирота, жизнь на планете вернулась в привычное русло, а на руинах мегаполиса Мидгар вырос новый город. Страйф ведет уединенный образ жизни, развивая собственную службу доставки и оставив в прошлом участие в войнах и восстаниях. Баррет Уоллес работает над поиском новых источников энергии, Сид Хайвинд пилотирует дирижабль, а Винсент Валентайн скитается по планете. Однако, когда начинает распространяться болезнь, известная как «Геостигма», а миру вновь грозит смертельная опасность, Клауд и его старые друзья должны объединиться, чтобы вместе выступить против нового врага.