Сефирот сжег деревню Нибельхейм дотла, убив практически всех местных жителей, а затем он направился к Мако-реактору в Нибельхеймских горах. Выжившие жители деревни, включая Тифу, ее отца, Клауда и Зака, преследуют убийцу, но ему удается перехитрить своих преследователей. Когда Сефирот воссоединяется с Дженовой и совершает побег, в регион прибывает Ходжо и группа воинственных солдат, которые берут Зака и Клауда в плен для проведения научных экспериментов. Так начинается история смертельно опасных приключений выживших жителей деревни Нибельхейм, мечтающих лишь об одном — о мести Сефироту.