В этой части Наруто предстоит найти и захватить без вести исчезнувшего шпиона Мукаде, который работал на Сассори. Следы приводят Наруто к долине Оурэн. Именно туда злодей отправился на поиски источника силы, которая запрятана где-то в руинах долины. Найдя источник, Мукаде с нетерпением желает применить силу и в этот момент луч света случайно накрывает Наруто, выследившего шпиона. От такого мощнейшего воздействия наш герой оказывается в далеком прошлом. Очнувшись в неизвестности, парень понимает, что остался совсем один без поддержки своих друзей. Наруто предстоит найти возможность вернуться на двадцать лет вперед, а между тем его ждут нелегкие сражения в попытке остановить шпиона Мукаде. Благо помочь ему в этом вызвался Хокаге Минато Намиказэ, которого молодой парнишка встретил совершенно случайно.