Сюжет анимационного фильма «Наруто 5» описывает историю смелого героя Наруто Узумаки, который вместе со своими боевыми приятелями ведет борьбу за спасение страны Огня. Едва отбив предыдущее нападение на Коноху, команда в составе Наруто, его друзей Сакуры и Хинаты, а также целителя Сино и его молодой ученицы Амару, отправляются на защиту деревни, которой угрожает армия злодея Орочимару. Во время путешествия товарищей ожидает множество нелегких сражений, а также они выяснят, что Орочимару, видимо, охотится за тайнами старика Сино. Кроме того, героям предстоит пережить страшную боль предательства: их бывший приятель Саске, когда-то ушедший из Конохи, теперь сражается на стороне противника и будет воевать против своих бывших друзей. В этом фильме показаны не только ожесточенные кровопролитные битвы с армией врагов, но и борьба с самим собой. Ведь далеко не каждый сможет противостоять своему товарищу, пусть даже и бывшему…