После победы над Шредером, их заклятым врагом, черепашки-ниндзя Микеланджело, Донателло, Леонардо и Рафаэль ведут ничем не примечательный образ жизни. По мере того как Леонардо возвращается из Южной Америки, выполнив поручение Спринтера, он обнаруживает, что Микеланджело стал аниматором детских праздников, Донателло — компьютерным техником, а Рафаэль — линчевателем в маске. В скором времени напряжение между Леонардо и Рафаэлем достигает апогея, пока в Нью-Йорке происходит серия странных событий, а армия древних существ угрожает захватить мир…