В основу фильма положена одноименная повесть, написанная Джонатаном Свифтом. В центре сюжета Гулливер, который в результате крушения корабля, приходит в себя в качестве пленника граждан государства под названием Лилипутия. Поначалу мелкорослые местные жители принимали незваного гостя вполне дружелюбно, но когда он помог устроить встречу принцессы Марины и принца Песто, то сразу превратился в глазах лилипутов в настоящего шпиона. Дело в том, что Лилипутия уже долгое время ведет войну с соседней страной, Блефуску, и только чудо способно прекратить эту междоусобицу.