Действия разворачиваются в далёком будущем в 0011 году Эры Священного Начала, когда планета Земля еще не сумела полностью оправиться после ужасной катастрофы. Спустя двенадцать тысяч лет человечество вновь сталкивается со смертельной опасностью в лице Тёмных Ангелов Древней Атлантиды – таинственных существ, нападающих на города людей и похищающих жителей, чтобы в дальнейшем использовать их жизненную силу, именуемую «праной».Единственными, кто может противостоять им, являются несколько молодых людей, обладающих специальными способностями и пилотирующих «векторы», которыми являются три древних боевых корабля, имеющие возможность трансформироваться в одного мощного человекоподобного робота, представляющего собой эффективное оружие против безжалостных агрессоров. Имя этому оружию – Акварион.Сюжет вращается вокруг молодого паренька Аполло, являющегося возможной реинкарнацией падшего ангела Аполлониуса, предавшего своих собратьев и сражавшегося в древние времена на стороне людей. Многие из его окружения скептически относятся к возможному происхождению парня, но так или иначе нашему герою, как и его далёкому предку, в будущем предстоит сыграть ведущую роль в противостоянии с могущественными Тёмными Ангелами.