Сюжет мультсериала берёт своё начало после событий, показанных в конце фильма, снятого в 1998 году, в котором Годзилла был уничтожен на Бруклинском Мосту эскадрильей истребителей, расстрелявших монстра ракетами.Ник Татополос, ученый изучавший происхождение и повадки гигантского ящера, предупреждает военных, что монстр успел отложить несколько яиц, из которых вполне может вылупиться новое чудовище. Как и предполагал ученый, из одного уцелевшего яйца появляется на свет маленький детеныш, который очень быстро растёт, и, достигнув огромных размеров, становится мощным оружием в борьбе с другими чудовищами. А так как Ник был первым, кого увидел новорожденный малыш, принявший его за отца, доктор получает уникальную возможность контролировать поведения огромной рептилии. Но, несмотря на то, что молодому Годзилле удаётся победить нескольких зверюг, внезапно начинают появляться другие более сильные чудища, в борьбу с которыми вступает доктор Ник и собранная им опытная команда профессионалов, в которую вошли талантливый техник Рэнди, бывший секретный агент Моник, выдающийся химик, а также инженер-кибернетик доктор Мендель, палеонтолог Элси и забавный робот по имени Найджел.