Нью-Йорк стал обителью для могущественного криминального босса Шреддера и его прихвостней, включая сумасшедшего ученого Бакстера Стокмана и жестокой банды панков, возглавляемых Ханом. После пятнадцати лет тренировок в канализации под руководством Мастера Сплинтера, четверо черепашек-ниндзя — Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело — становятся главными борцами с преступностью на улицах мегаполиса. Заручившись поддержкой своих друзей Эйприл О’Нил и Кейси Джонса, черепашки-ниндзя противостоят Шреддеру и его соратникам, спасая город от немыслимых неприятностей.