История начинается с загадочного нападения на институт Ксавье, в результате которого бесследно исчезли Профессор Икс и Джин Грей, а команда мутантов начинает распадаться: Циклоп впадает в депрессию после потери своей возлюбленной, Колосс уезжает в Россию, Шторм в Африку, а Айсмена забирают домой родители. Год спустя враждебная организация, поддерживаемая правительством, приступает к охоте на мутантов, из-за чего Логану приходится вмешаться, возглавить своих товарищей и возобновить поиски Профессора Икс, который все это время удерживается в логове Магнето.