Прошло долгих пятнадцать лет с момента внезапного возникновения необъяснимой глобальной катастрофы, поставившей всё человечество под угрозу исчезновения. Но те, кому посчастливилось выжить, даже не догадывались, что это было только начало, ведь вскоре на них обрушилось новое испытание: неожиданно Землю атаковали возникшие неизвестно откуда огромные существа, именуемые Ангелами.Единственным эффективным оружием, способным на равных противостоять агрессивным созданиям, оказываются гигантские боевые биороботы серии «Евангелион», разработанные талантливыми учеными с помощью передовых технологий. Вот только использовать уникальные боевые машины под силу лишь тем пилотам, которые могут на максимум синхронизировать себя с Евангелионом, чтобы управлять биороботом словно собственным телом. В ходе исследований оказалось, что наилучших результатов синхронизации возможно достичь лишь в юном возрасте, поэтому на защиту планеты становятся обычные школьники. Эти одарённые бойцы, которых зовут Синдзи Икари, Аска Лэнгли и Рей Аянами, проходят обучение в тайном подземном городке Токио-3, являющимся штаб-квартирой секретной организации «NERV», ответственной за защиту планеты от вторжения пришельцев. Именно они вскоре становятся последней надеждой человечества.