Действия полнометражки, подводящей итог ТВ сериалу, но не затрагивающей его окончание, разворачиваются в 2015 году. За полтора десятка лет до этого всё человечество пострадало от ужасной катастрофы, начавшейся при загадочных обстоятельствах, которая именовалась Вторым Ударом. Во время ужасного происшествия произошло таяние ледников, и большая часть земной поверхности оказалась под водой, которая уничтожила при этом три четверти населения планеты.Тайная организация «NERV», уполномоченная ООН, создаёт в Японии Токио-3 – с виду обычный город, представляющий собой на самом деле мощную военную базу, главной целью которой была защита Земли от огромных монстров, именуемых Ангелами, начавших внезапно атаковать планету. Благодаря передовым разработкам выдающихся ученых, организации удалось создать единственное оружие, способное противостоять Ангелам – огромных антропоморфных биороботов под названием «Евангелион», которые могли пилотироваться лишь подростками, зачатыми после Второго Удара, ибо только у них наблюдалась максимальная синхронизация с боевой машиной.Сюжет разворачивается вокруг трёх боевых пилотов и их окружения, которым выпала нелегкая участь стать последней надеждой человечества.