Спустя пять лет после того, как ему удалось победить заклятого врага и забрать Омнитрикс, который наделил его могущественными силами, Бен Теннисон счастлив вести размеренный образ жизни. Когда главный герой узнает, что его дедушка пропал без вести, Бен и его хладнокровная кузина Гвен втягиваются в масштабное противостояние. Вместе с бывшим врагом Кевином Левином и десятью новыми формами пришельцев, любезно предоставленными Омнитриксом, Теннисон вынужден решать крайне сложные задачи: разыскать своего деда и спасти галактику от пришельцев, которые стремятся ее уничтожить.