Страшная трагедия произошла с человечеством, в 26-ом веке практически всех людей уничтожили глобальные катаклизмы, вирусы и прочие бедствия. Спасшиеся основали два огромных города-мегаполиса, через которые курсируют караваны с добычей и товарами. Одним из городов является Моника, а вторым – Бренна. В Бренне всю власть в своих руках сконцентрировал Тревор Гудчайлд – тиран и узурпатор, который, где подкупом, где убийствами ликвидировал всех возможных кандидатов на пост главы. Но на одном городке Тревор останавливаться не планирует, ему необходимо обладать всемирной властью, которую оспорить не осмелится даже самый отъявленный злодей.Моника представляет для тирана весьма лакомый кусочек, но ему приходится существенно пересмотреть планы, когда в них вмешивает девушка-воин по имени Эон Флакс. Футуристическая воительница намеревается положить конец единоличному правлению Гудчайлда, и главная героиня в течение действия сериала предпринимает отчаянные попытки одолеть заклятого противника. Проблема в том, что его охраняет огромное количество стражи, но в планах Флакс нет убийств невиновных. Девушке приходится разрабатывать отчаянный план по ликвидации цели, не навредив при этом остальным жителям.