Мультсериал продолжает события первой части одноименного фильма, рассказывая о приключениях защитников Земли, которые противостоят армии злого императора Шао Кана, пытающегося поработить человечество. Бог грома Рэйден создает тайное убежище, куда созывает лучших бойцов: мастера восточных единоборств Лю Кана, полицейского Кертиса Страйкера, офицера спецназа Соню Блейд, ее напарника Джакса Бриггса, принцессу Китану, повелителя льда Саб-Зиро и Ночного Волка. Пытаясь сдержать натиск врага, главные герои путешествуют в разные уголки планеты, где открылись порталы в другой мир.