Жизнь подростка Аято и его возлюбленной Харуки стремительно меняется, когда в 2012 году в Токио вторгается таинственный Му. Над мегаполисом поднимается полусферический барьер, который получил название «Токийский Юпитер». Когда Аято оказывается внутри барьера, а Харука — за его пределами, они полагают, что навсегда обречены жить в разных мирах. Тем временем Аято не только обнаруживает гигантского робота Ра-Зефона, но и находит истинную связь между «Токийским Юпитером» и остальным миром. Теперь подросток вынужден вступить в отчаянную борьбу за будущее человечества, хотя на самом деле он лишь хочет вернуться к Харуке и обрести настоящее счастье.