Столкновение Земли с крупным астероидом становится причиной уничтожения большой части человечества смертельным ядом, известным как «шиноби». Малочисленные выжившие скрываются в безопасном месте, которое раньше было дном океана. Здесь остатки человечества пытаются надежно защитить себя от воздействия яда, но любые попытки найти способ уничтожение «шиноби» оборачиваются неудачей. Единственным лучом надежды на счастливое будущее планеты является странное устройство, известное как «Механический божественный генерал», способное найти противоядие от «шиноби». Принцесса падшего народа Амэ и великий воин Ягюу должны отбросить личные разногласия, чтобы спасти человеческую расу от полного уничтожения.