Действия фильма разворачиваются спустя некоторое время после захватывающих событий, показанных в первой части. Веселые черепашки-ниндзя продолжают бороться с преступниками, развернувшими свою деятельность на тёмных улицах огромного Нью-Йорка, и вскоре становятся по-настоящему знаменитыми, завоевав своими отважными действиями симпатию со стороны местного населения.А тем временем их старый враг Шреддер, задумав навсегда избавиться от назойливых черепах, вынашивает коварный план мести. Он нанимает безумного гения-ученого Бакстера Стокмана и приказывает ему создать мощный мутаген, который сможет превратить его помощников Бибопа и Рокстеди в мутантов, в несколько раз увеличив их физические возможности.Но, как говорится, беда не приходит одна, и вскоре в небе громадного мегаполиса открывается пространственный портал, ведущий в Измерение Х, откуда прибывает могущественный злодей Крэнг, желающий захватить Землю. И теперь нашим героям предстоит спасать не только Нью-Йорк, но и всю планету, тут-то им как нельзя кстати понадобится помощь их давней подружки Эйприл О’Нил и её нового знакомого Кейси Джонса – таинственного мстителя в хоккейной маске.