Действие аниме происходит в недалеком будущем. Друзья уже не верят в возвращение Акито и Юрики, их считают пропавшими без вести. Война подошла к концу и между Землей и Юпитером заключен мир. Однако, отдельные представители Юпитера не перестают надеяться на реванш и создают террористические организации, мечтающие об уничтожении Земли. Крейсер Надесико-С патрулирует территорию, не давая террористам возможности разгуляться. Со временем выясняется, что представители именно этой организации похитили Акито и Юрику, а затем инсценировали их смерть, а теперь ежедневно подвергают нападениям орбитальные поселения землян. Расследование поручено Рури Хосино, капитану Надесико-В. В недалеком прошлом она стала победительницей конкурса красоты, но отказалась от престижного титула ради должности капитана. Рури собирает старую команду, ведь участие военных по соображениям секретности не рекомендовано. Отважная девочка со своей командой отправляется на просторы Вселенной, чтобы разобраться, что же происходит, и кто заинтересован в конфронтации двух планет, так стремившихся окончить военный конфликт?