События аниме-фильма «Империя трупов» происходят в альтернативной реальности, а точнее, в Европе конца XIX века. Сейчас человечество уже вовсю эксплуатирует «гомункулов» - мертвые тела с искусственной душой, наделенные возможностью совершать примитивные поступки. Создания служат бесплатной рабочей силой и люди используют «гомункулов» для выполнения различных физических нагрузок, в которых раньше представитель «хомо сапиенс» рисковал здоровьем и жизнью.В качестве главного действующего персонажа выступает весьма талантливый студент по имени Джон Уотсон, которого руководители тайной спецслужбы уже приметили давно и решили завербовать. Джон обладает необходимыми знаниями и навыками в области анатомии и биологии, так что, по долгу новой службы, парню предстоит отправиться в Афганистан и стать полевым врачом. Именно здесь герою предначертано совершать каждодневные операции ради спасения пострадавших от вооруженного конфликта.Высококачественное художественное произведение от легендарных японских художников покажет, насколько ужасной могла бы быть наша реальность, если бы технологический прогресс сделал огромный скачек на несколько столетий раньше.