Действие разворачивается в футуристической Японии после окончания Четвертой мировой войны. Наука продолжает динамично развиваться, позволяя людям продлить жизнь и уменьшить страдания с помощью инноваций. Поскольку человечество связано в единую систему личностей, известную как «призраки», самой большой угрозой для людей являются кибертеррористы, способные похищать тела и воспоминания. Когда вирус начинает распространяться по системе, он приводит к убийству премьер-министра Японии. Майор Мотоко Кусанаги и ее элитная команда приступает к расследованию загадочной гибели политика, постепенно обнаруживая следы коррупции в правительстве…