Сюжет сосредоточен вокруг осиротевшего старшеклассника Такаси Нацумэ, который унаследовал от своей бабушки Рэйко способность общаться с духами и прочими сверхъестественными существами. По этой причине юноша стал изгоем, так как не мог объяснить странности своего поведения. Однажды Такаси перебирается жить в дом своей покойной бабушки и находит «Тетрадь дружбы», где она записывала имена побежденных потусторонних существ, которых сделала своими слугами. Главный герой решает направить свои способности в мирное русло, начав помогать добрым духам обрести свободу, попутно сражаясь с силами тьмы.