Сюжет фантастического аниме-боевика «Капитан планета» разворачивается вокруг Дайти Манацу — обыкновенного старшеклассника, два года отучившегося в старшей школе. Одним прекрасным вечерком, в преддверии летних каникул, юноша видит на голубом экране радугу необыкновенной формы, плавающую по небесам в районе острова Танегасима. Аналогичное явление подросток уже созерцал раньше, но только очень давно, и теперь его захлестнули вспоминания из прошлого: загадочная гибель родителя, непонятные, встреченные им дети и другие необъяснимые события... Под воздействием переполняющих его вопросов, юный герой устремляется на этот таинственный остров, над которым вновь возникло загадочное радужное явление. В момент прибытия подростка на остров, из сооружения, на каковом красуется надпись «Двигатель Земли», доносится предупреждение об опасности и здание моментально скрывается. Некто неизвестный сообщает Дайти, будто на материк пожаловали внеземные захватчики с Урануса, именуемые KILL-T-GANG. Агрессоры готовы вступить в сражение с жителями Земли. Юношу принимают за капитана и завязывается бойня между андроидами, землянами и инопланетными узурпаторами. Таким образом, обычный парнишка оказывается в эпицентре захватывающих событий, где ему уготована весьма почётная миссия.