Сюжет вращается вокруг пяти девочек-волшебниц, но более развернуто рассказывает историю четырнадцатилетней Мадоки Канамэ. Она растет в самой обыкновенной семье, ее мама деловая женщина, отец занимается домом и есть еще младший братишка. Но однажды ей снится странный сон, в котором она видит девушку с темными волосами, сражающуюся с силами тьмы. Какого было удивление Мадоки, когда красавица из сна утром оказалась в школе. Ее зовут Хомура Акэми и она довольно грубо предупредила Канамэ, чтобы та не лезла, куда ее не просят. Но, как всегда, бывает, Мадока ее не послушала. Еще у девушки появляется новая знакомая волшебница с милым зверьком, белым и пушистым комочком под названием кюбэи, который еще и говорить умеет. Этот зверек объясняет, что если Канамэ хочет стать волшебницей ей просто нужно загадать одно желание, и она получит магические силы. Уже в одном этом предложении чувствуется подвох, но Мадока еще слишком наивна и не замечает подводных камней. По вечерам она с новой подругой ходит на вечерние рейды, попутно пытаясь определиться с желанием, оно ведь одно, а в столь юном возрасте хочется всего и сразу.А в то же время Хомура мучается, не решаясь открыть правду, боясь, что ей опять не поверят. Ведь за полученную магию нужно будет платить и плата может оказаться не соизмеримой выполненному желанию.